Nestes primeiros anos da vida da AFS, sucessivas Direções viram-se desautorizadas nas suas decisões pela Assembleia Geral. Quase sempre por castigos impostos a clubes ou jogadores, o que conduzia a sucessivas ameaças de demissão da Direção, por vezes concretizadas.

Foi o que aconteceu, ainda em outubro de 1929, quando a Direção se viu desautorizada pela Assembleia Geral, a propósito do castigo que tinha aplicado a “Os Leões”. O assunto originou uma longa discussão, que terminou com o sócio Arruda a apresentar uma proposta de amnistia a todos os jogadores castigados, e que seria aprovada por aclamação; com a consequente resposta do pedido de demissão da Direção.

Veio então nova Direção, eleita dias depois, para cumprir o mandato de 1930, que ficou assim constituída: presidente, Joaquim Garcia (eleito com 26 votos); vice, Francisco Gaspar (27 votos); secretários, Herberto Fontes e Alfredo Machado (ambos com 27 votos); tesoureiro, Francisco Vicente (26 votos); diretores, Augusto Pereira e Monteiro Peste (também com 26 votos).

A Assembleia Geral de 24 de fevereiro dá o primeiro sinal de crise associativa, ao não conseguir o quórum mínimo para funcionar. Apenas três sócios comparecem, numa reunião que pretendia “apreciar a atitude da Direção, em face da anulação do encontro entre “Os Leões” e a União Operária”.

Paradoxalmente, a 30 de junho de 1930, é aprovado o relatório de gerência por unanimidade, e o sócio Camilo Bettencourt apresenta a proposta de reeleição da mesma Direção para mais uma época, o que é aprovado por aclamação. Com a mesma Direção, prossegue Mário Guimarães Nobre na presidência da Assembleia Geral e José Antunes no Conselho Fiscal.